Pada babak gugur, 16 tim akan bermain dalam sistem gugur. Setiap pertandingan akan dimainkan dalam format dua leg kandang dan tandang, kecuali final yang akan dimainkan dalam satu pertandingan. Waktu tambahan dan adu penalti akan digunakan untuk menentukan pemenang jika diperlukan (Aturan Regulasi Pasal 10). Urutan pertandingan (kandang vs tandang) ditentukan dalam undian, kecuali final. Final telah ditentukan sebelumnya berdasarkan rotasi, di mana pertandingan akan diselenggarakan oleh tim dari Wilayah Timur. Pengundian untuk babak gugur akan diadakan pada 12 Desember 2024.
Di final, pemenang semi-final dari Wilayah Barat dan Wilayah Timur akan bertanding satu sama lain, dengan tim tuan rumah (dari Wilayah Timur) dipilih secara bergiliran dari final musim sebelumnya.
TBD v TBD
17 Mei 2025 (2025-05-17)
TBD
vs.
TBD
Catatan
^Al-Hussein memainkan pertandingan kandang mereka di Stadion Internasional Amman, Amman, bukan di stadion kandang utama mereka, Stadion Al-Hassan, Irbid, karena tidak memenuhi standar persyaratan AFC.
^Port memainkan pertandingan kandang mereka di Stadion Pathum Thani, Pathum Thani, bukan di stadion kandang utama mereka, Stadion PAT, Bangkok, karena tidak memenuhi standar persyaratan AFC.
