Artikel ini perlu dikembangkan agar dapat memenuhi kriteria sebagai entri Wikipedia. Bantulah untuk mengembangkan artikel ini. Jika tidak dikembangkan, artikel ini akan dihapus.
Masa kecilnya dia habiskan di kampung Piyungan, Yogyakarta. Setelah menyelesaikan pendidikan sekolah menengah, Subagyo memilih sekolah militer di AKABRI, Magelang. Dia lulus tahun 1970. Pada usia 24 tahun, Subagyo memulai kariernya sebagai Tentara Nasional Indonesia Angkatan Darat (TNI AD). Berbagai tugas untuk melaksanakan dengan baik. Mulai tugas operasi militer hingga teritorial dia jalani secara profesional.
Kariernya pernah melejit bahkan mendapat kenaikan pangkat istimewa 1 tingkat pernah dienyamnya saat selesai Operasi Woyla di Thailand. Mantan komandan Paspampres pada era Soeharto ini kemudian mendapat bintang di pundaknya saat menjabat Danjen Kopassus. Selepas itu kariernya mulus menjadi Pangdam Diponegoro, kemudian Wakasad dan KSAD.
Subagyo juga pernah menjabat panglima di komando teritorial. Ia pernah menjadi Panglima Kodam IV/Diponegoro. Saat menjadi KASAD inilah ia mengalami pergantian kepemimpinan nasional, Kerusuhan Mei 1998, Tragedi Trisakti dan meruncingnya rivalitas di dalam ABRI saat itu sehingga menjadikannya sebagai Ketua Dewan Kehormatan Perwira (DKP) untuk pemeriksaan atas Letjen Prabowo Subianto mantan Pangkostrad yang juga merupakan salah satu teman dekatnya.