وتعبتر العلاقات بين المغرب وناميبيا غير جيدة ومتوترة بشكل كبير، بسبب ملف الصحراء، حيث تدعم ناميبيا جبهة البوليساريو وترفض الإعتراف بمغربية الصحراء، كما أن ناميبيا كانت من بين الدول التي عارضت انضمام المغرب للاتحاد الافريقي.[6]
لا يتوفر المغرب على أي سفارة في ناميبيا، لكن تم إعطاء الموافقة لسفارة المغرب في أنغولا لتشمل صلاحياتها أنغولا وناميبيا.
يحتاج المواطنون المغاربة للحصول على تأشيرة لدخول ناميبيا، كما يحتاج المواطنون الناميبيون للحصول على تأشيرة لدخول المغرب.