تأسس نادي باختاكور في 8 أبريل عام 1956، في عهد الاتحاد السوفييتي السابق، ولعب أولى مبارياته الرسمية مع فريق مدينة مولوتوف الروسية. وفي عام 1959 تم تصنيف الفريق ضمن فرق الدوري السوفييتي وكان وقتها هو الفريق الوحيد من منطقة أوزبكستان ويلعب في الدوري السوفييتي، ولعب خلالها متنقلا بين فرق الدرجة الأولى للدوري وبين فرق دوري المقدمة السوفييتي وحقق المركز السادس كأفضل مركز له خلال الستينات الميلادية. وكرر نفس المركز خلال فترة الثمانينات الميلادية.
كارثة عام 1979
عاد فريق باختاكور لدوري المقدمة السوفييتي قادما من دوري الدرجة الأولى وذلك في عام 1979، ولكن مُحبّي الفريق، والرياضيين السوفييت فُجعوا بالكارثة التي وقعت للفريق، حيث تحطّمت الطائرة المقلّة للفريق استعدادا لملاقاة فريق دينمو مينسك لكرة القدم، جراء حادث تصادم جوي.[2][3]
حيث قُتل جميع ركاب الطائرة نتيجة الحادث ومنهم 17 شخصا من أعضاء الفريق.
فريق ابنة الرئيس
تعتبر جولنارا كاريموفا ابنة الرئيس إسلام كريموف المسؤولة خلف صعود النادي والأموال الطائلة التي يصرفها. تعتبر المعارضة رعاية النظام لهذا الفريق «جزء من حملة يقودها الرئيس لكسب شعبية لابنته» وإن النظام «يحاول كسب الشعبية من خلال طريقة الخبز والسيرك».[4]
