Der am 4. August 1905 von Studenten gegründete Verein hatte Ende der 1960er Jahre seine große Zeit, als er die Copa Libertadores dreimal hintereinander gewann. Die folgenden Spiele um den Weltpokal – Estudiantes gewann den Titel 1968 – zählen zu den legendärsten Kapiteln der Fußballgeschichte.
In der Saison 2006 wurde der Club nach 23 Jahren wieder einmal argentinischer Meister. Am Ende der Spielrunde standen die Studenten punktgleich mit Boca Juniors an der Tabellenspitze. Im Entscheidungsspiel um die Meisterschaft schlug der Provinzklub den Favoriten überraschend mit 2:1.
Der Verein erreichte 2008 das Finale der Copa Sudamericana, musste sich aber dem SC Internacional nach einem 0:1 im Hinspiel und 1:1 im Rückspiel geschlagen geben.
In der darauffolgenden Saison (Apertura 2010) gewann Estudiantes nach einem dramatischen Meisterzweikampf mit CA Vélez Sársfield die argentinische Meisterschaft. Angeführt von Kapitän Juan Sebastián Verón und Torjäger Gastón Fernández feierten die Pincharattas ihren insgesamt fünften Meistertitel.[1]
Die Spitznamen der Mannschaft lauten Los Pincharratas („Die Rattenpiekser“) – was davon herrührt, dass an der Uni La Plata die medizinische Fakultät besonders berühmt ist, deren Studenten gerne Ratten aufspießen[3] – und El León („Der Löwe“).
