La 9. Flak-Division est mise sur pied le à Caen en France à partir du Luftverteidigungskommando 9.
En , la division fait mouvement pour le sud de la Russie et est responsable de la protection de toute la zone de l'Heeresgruppe Süd jusqu'en (avec les Stab/Flak-Regiments 37, 42, 91 et 104), lorsque la division est rattaché à la 6. Armee.
La plupart de la division est détruite à Stalingrad mais une partie de l'état-major a été évacué et la division est réformée le en Crimée à partir des unités survivantes. Elle y reste jusqu'en où la plupart de la division est à nouveau détruite.
Elle est réformée de mai à août 1944 dans la zone de Breslau.
En , la 9e Flak-Division est rattachée au IV. Flakkorps(de). Le , la Flak-Division reçoit pour mission de défendre Metz, alors que la bataille de Metz s'engage. Appuyant la 1re armée allemande, la division est renforcée par le Stab/Flak-Regiment 45 (mot.) et le Stab/Flak-Regiment 86 (v). De nombreuses batteries sont converties en batteries anti-chars. Après la chute de Metz, une partie de la 9e flak poursuit les combats dans la région de Sarrebruck, Neunkirchen et Kaiserslautern.