En mars et juin 2020, Alain Fauconnier conduit une liste aux élections municipales de Saint-Affrique, avec Jean-Luc Malet, ancien conseiller général, condamné par la justice pour avoir fait travailler du personnel municipal à son domicile. La liste d'Alain Fauconnier est battue au 2e tour de l'élection municipale par Sébastien David (45.92% des voix contre 41.04% pour Alain Fauconnier, et 13.04% pour Loïc Raynal), après 19 ans de socialisme à la mairie de Saint-Affrique.
Mandats
1977-1989 : conseiller municipal d'opposition de Saint-Affrique
1989-1995 : premier adjoint au maire de Saint-Affrique. En conflit ouvert avec André Vigouroux, maire de Saint-Affrique, de 1989 à 1995 : Alain Fauconnier demandait la démission d'André Vigouroux, mais ne l'obtint jamais[réf. souhaitée].
1995-2001 : conseiller municipal d'opposition de Saint-Affrique.
1998-2001 : conseiller général de l'Aveyron - Canton de Saint-Affrique (démission en du fait de la loi sur le cumul des mandats)
2004-2008 : cinquième vice-président du conseil régional Midi-Pyrénées (démission en en vertu de la loi sur le cumul des mandats)
2001-2020 : maire de Saint-Affrique ; réélu en mars2008 au premier tour, face à la liste menée par Serge Wenner et Sébastien David ; réélu le face à la liste UMP menée par Sébastien David ; battu en juin 2020 par la liste Envies & Renouveau conduite par Sébastien David Les Républicains