Cependant à la suite de l'échec de l'expédition de Quiberon en juillet 1795, le commandement de Puisaye fut remis en question et une scission se créa principalement avec l'armée du Morbihan dirigée par Cadoudal qui ne reconnaissait plus l'autorité du lieutenant général. Puisaye ne fut alors plus reconnu que par l'armée de Rennes et de Fougères bien qu'il disposait toujours du soutien des princes.
Finalement Puisaye démissionna en 1798, après un court intérim de René Augustin de Chalus, le comte d'Artois nomma alors Marigny pour lui succéder mais celui-ci refusa, le commandement échut ensuite à Béhague qui ne resta que quelques mois en Bretagne durant l'année 1798, et retourna en Angleterre.
Ce fut finalement Georges Cadoudal nommé major-général de Béhague qui assura le commandement véritable avant d'être reconnu officiellement. Mort en 1804, Cadoudal fut nommé Maréchal de France à titre posthume.
Armée catholique et royale de Bretagne (1794-1796)
État-Major : Chef d'État major : Jean René Louis de Kermoysan.Il signe lors des campagnes de 1815, les conditions des pourparlers et de l'occupation de Vannes par les royalistes.
Gabriel du Pontavice (préf. Pierre Moinot), Les armées catholiques et royales au nord de la Loire : petite histoire des Chouans, Loudéac, Y. Salmon, , 240 p. (ISBN978-2-903414-54-2), p. 172
François Cadic, Histoire populaire de la chouannerie en Bretagne, t. 2 : Œuvres, Rennes, Terre de brume éditions Presses universitaires de Rennes, , 598 p. (ISBN978-2-84362-207-6 et 978-2-868-47908-2), p. 331