Le Championnat du Japon de rugby à XV 2012-2013 ou Top League 2012-2013 oppose les quatorze meilleures équipes japonaises de rugby à XV. Le championnat débute le et se termine par une finale prévue le . Il se déroule en deux temps : une première phase dite régulière en match aller où toutes les équipes se rencontrent une fois et une phase finale par élimination directe. Le premier de la phase régulière rencontre le quatrième et le deuxième rencontre le troisième lors des demi-finales, puis la finale entre les deux vainqueurs de ces demi-finales.
Qualifiés pour les demi-finales (no 1, no 2, no 3, no 4).
Tournoi Wild Card qualificatif pour l'All-Japan Championship (no 5, no 6, no 7, no 8, no 9, no 10).
Play-off relégation contre le 3e et le 4e du Top Challenge 1 (no 13, no 14).
T : tenant du titre 2011-2012
Attribution des points : victoire sur tapis vert : 5, victoire : 4, match nul : 2, défaite : 0, forfait : -2 ; plus les bonus (offensif : 4 essais marqués ; défensif : défaite par 7 points d'écart ou moins).
Règles de classement : ?
Phase finale
Les quatre premiers de la phase régulière sont qualifiés pour les demi-finales : l'équipe classée première affronte celle classée quatrième alors que la seconde affronte la troisième.
