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Fondé à Lima, le , sous le nom de Club Atlético Chacra Colorada, il s'inscrit à la Fédération péruvienne de football (FPF) comme Club Deportivo Defensor Breña avant d'adopter son nom définitif de Club Atlético Defensor Lima, à la suite d'une suggestion de la secrétaire de la FPF, Delia Vargas[2]. En 1957, il participe au championnat de deuxième division, qu'il remporte en 1960, ce qui lui permet d'accéder à l'élite l'année suivante, en 1961.
Après l'assassinat de Banquero Rossi (dans des conditions mystérieuses[3],[4]) son holding – dont faisait partie le Defensor Lima – est exproprié par le Gouvernement militaire du général Juan Velasco Alvarado. Les conséquences sportives se font sentir puisque le club est relégué en 1978 et devra attendre dix ans avant de retrouver le championnat, à la suite de son titre de champion de deuxième division en 1988.
Le Defensor Lima dispute sa dernière saison parmi l'élite en 1994, et se morfond depuis dans les championnats de divisions inférieures[5].