La série se déroule au XXIe siècle, elle se focalise sur le conflit entre factions secrètes qui souhaitent contrôler le monde par procuration, et dépeint les effets des technologies liées au transhumanisme dans un futur dystopique à l'ambiance cyberpunk.
C'est le seul jeu de la série ou le joueur a le choix sur le sexe du protagoniste principal une femme ou un homme ce qui peut légèrement changer le scénario.* Chicago est seulement présent pour la cinématique d'introduction.
L'histoire se déroule en 2027, vingt-cinq ans avant les faits présentés dans Deus Ex, le joueur y incarne Adam Jensen, chef de la sécurité chez Sarif Industries.
Préquelle de Deus Ex: Human Revolution, le joueur y incarne Ben Saxon, un ex-membre des Tyrants, devenu un mercenaire augmenté, à la recherche de l'ancien agent fédéral Anna Keslo, soutenus par Janus, leader d'un groupe de hackers activistes : Juggernaut Collective.
Suite de Deus Ex: Human Revolution. Il se déroule en 2029, soit deux ans après les événements dépeints dans le troisième opus et propose à nouveau d'incarner Adam Jensen qui va cette fois-ci devoir assumer les conséquences de ses choix.
Spin-off : Deus Ex: Breach un mode pour Deus Ex: Mankind Divided
Deus Ex GO jeux mobile de réflexion avec Adam Jensen
