Les colonies microbiennes typiques présentes sont normalement bénignes ou bénéfiques. Ces colonies microbiennes bénéfiques et de taille appropriée remplissent une série de fonctions utiles et nécessaires, telles que la digestion[5]. Ils aident également à protéger le corps contre la pénétration de microbes pathogènes. Ces colonies microbiennes bénéfiques se font concurrence pour l'espace et les ressources[6].
Les causes
La dysbiose peut être causée par de très nombreux facteurs aussi divers que l’exposition répétée et inappropriée à des antibiotiques[7], l'abus d'alcool[8],[9] ou un régime inapproprié[10]. Il peut y avoir des altérations de la couche de mucus, des anomalies de la paroi intestinale (entérocytes et autres), des perturbations du système neuro-endocrinien et enfin un déficit du système immunitaire.
Deux types de dysbiose intestinale
Les dysbioses de l'intestin grêle
De nos jours, elles sont encore très peu connues et mal comprises, même par les médecins spécialistes. On parle alors de colonisation bactérienne chronique de l'intestin grêle (ou SIBO pour Small Intestinal Bacterial Overgrowth) que l’on peut détecter et mesurer avec les tests respiratoires. Normalement le grêle n'abrite seulement que 1% du microbiote intestinal. Le grêle est avant tout le siège de la digestion des aliments par les sécrétions enzymatiques, puis de leur absorption par la muqueuse.
Les dysbioses du colon
Le colon abrite 99% du microbiote intestinal, ce qui représente 1 à 2 kilos de bactéries. Il est le siège des dysbioses les mieux connues des médecins. Des analyses des selles approfondies et le dosage des Métabolites Organique Urinaires (MOU).
Les principales caractéristiques des dysbioses sont une baisse de production des acides gras à chaîne courte (AGCC), altération de la couche de mucus, hyper-perméabilité de la paroi intestinale et dysfonction du système immunitaire sous-muqueux (GALT: Gut Associated Lymphoid Tissue) avec développement d'un état d'inflammation chronique de bas grade (mesuré grâce au dosage de la CRP ultra-sensible).
Effets
Lorsque cet équilibre est perturbé, la capacité de ces colonies à se contrôler mutuellement est réduite, ce qui peut ensuite entraîner la prolifération d'une ou de plusieurs colonies perturbées, ce qui peut endommager davantage les autres plus bénéfiques dans un cercle vicieux. À mesure que des colonies plus bénéfiques sont endommagées, ce qui accentue le déséquilibre, de plus en plus de problèmes de surcroissance se produisent car les colonies endommagées sont moins en mesure de contrôler la croissance des colonies envahissantes. Si cela ne se vérifie pas assez longtemps, un déséquilibre persistant et chronique entre colonies se formera, ce qui minimisera en fin de compte la nature bénéfique de ces colonies dans leur ensemble.
Les colonies microbiennes excrètent également de nombreux types de sous-produits métaboliques[11], gaz multiples, toxines, acides gras à courte chaîne (AGCC), encore nommés acide gras volatils, etc. En utilisant différents mécanismes d’élimination des déchets, dans des circonstances normales, le corps gère efficacement ces sous-produits avec peu de problèmes, voire aucun problème. Malheureusement, les colonies surdimensionnées et de taille inappropriée, en raison de leur nombre croissant, excrètent une quantité accrue de ces sous-produits. À mesure que la quantité de sous-produits microbiens augmente, les niveaux plus élevés de sous-produits de déchets peuvent surcharger les mécanismes d'élimination des déchets de l'organisme.
C'est la combinaison de ces deux conséquences négatives qui est à l'origine de nombreux symptômes de santé négatifs observés en présence d'une dysbiose.
Des périodes prolongées de dysbiose entraînent une augmentation du stress oxydant et de l'inflammation, ce qui peut favoriser la production de métabolites cancérogènes[20].
Clostridium Difficile
Le C. difficile est une bactérie opportuniste qui infecte généralement les patients à la suite d’une perturbation du microbiote, telle que le traitement aux antibiotiques[21],[22]. L'infection peut entraîner plusieurs symptômes différents, notamment une diarrhée aqueuse, de la fièvre, une perte d'appétit, des nausées et des douleurs abdominales[23]. Les infections sévères ou chroniques à C. difficile peuvent entraîner une inflammation du côlon, une maladie appelée colite pseudo-membraneuse[24].
Parodontite
La parodontite est une infection buccale qui peut endommager les os qui soutiennent les dents et entraîner la perte des dents[25]. L'un des principaux facteurs de risque de parodontite est la perturbation du microbiote oral, entraînant une accumulation de bactéries pathogènes[26]. Plusieurs publications récentes font état de l'importance des dysbioses buccales dans la genèse de nombreuses pathologies générales, telles les maladies cardio-vasculaires.
Traitements
Antibiotiques
À cause des interactions complexes dans le microbiote, il existe peu de données sur l'efficacité de l'utilisation d'antibiotiques pour traiter la dysbiose. Cependant, un antibiotique à large spectre ayant un faible impact sur le microbiote de l'intestin, appelé rifaximine, s'est avéré efficace pour améliorer plusieurs affections associées à la dysbiose, notamment le syndrome du côlon irritable[27], la colite ulcéreuse[28] et la maladie de Crohn[29].
Probiotiques
L'Organisation mondiale de la santé (OMS) définit les probiotiques comme "des micro-organismes vivants qui, lorsqu'ils sont administrés en quantités suffisantes, confèrent un avantage pour la santé à l'hôte"[30]. L'avantage d'utiliser des probiotiques pour traiter les maladies liées à la dysbiose réside dans sa capacité à traiter la cause sous-jacente de ces maladies. Certains avantages comprennent leur capacité à supprimer l'inflammation dans le microbiote[31],[32] et à contrecarrer la colonisation par des agents pathogènes[33].
Prébiotiques
Bactériothérapie fécale
Elle utilise le même raisonnement que les probiotiques: transplanter un microbiote sain et équilibré dans le colon. FMT accomplit cela en faisant un don de matières fécales d'un individu en bonne santé, dilué, soumis à des contraintes et présenté à un patient malade[34]. Les FMT sont actuellement utilisés pour traiter les patients atteints d'infections à Clostridium Difficile, qui se sont révélés résistants à d'autres traitements[35]. Étant donné que le processus n'est pas stérile et que les contaminations peuvent passer d'un donneur à un patient, il y a une pression pour isoler le microbiote clé et le cultiver indépendamment[36].
Phagothérapie
En introduisant des virus bactériophages actifs sur certaines bactéries dont la population est anormalement élevée, on peut agir sur l'écosystème bactérien et rétablir les équilibres perturbés[37],[38]. En Russie on trouve en pharmacie un bactériophagique anti staphylocoque utilisé dans les cas de dysbiose. Les phages sont utilisés sous forme liquide, en les prenant à jeun 3 fois par jour 2 heures avant les repas, éventuellement avec un lavement quotidien. Le traitement dure 2 semaines sous contrôle bactériologique strict par un médecin[39]. L'intérêt de la phagothérapie est d'éviter de perturber le microbiote grâce au spectre limité des bactériophagiques.
« As reviewed in this report, synthetic biology shows potential in developing microorganisms for correcting pathogenic dysbiosis (gut microbiota-host maladaptation), although this has yet to be proven. »
« Several meta-analyses and systematic reviews have reported that patients treated with PPIs, as well as post-gastrectomy patients, have a higher frequency of small intestinal bacterial overgrowth (SIBO) compared to patients who lack the aforementioned conditions. Furthermore, there is insufficient evidence that these conditions induce Clostridium difficile infection. At this time, PPI-induced dysbiosis is considered a type of SIBO. »
« Small intestinal fungal overgrowth (SIFO) is characterized by the presence of excessive number of fungal organisms in the small intestine associated with gastrointestinal (GI) symptoms. Candidiasis is known to cause GI symptoms particularly in immunocompromised patients or those receiving steroids or antibiotics. However, only recently, there is emerging literature that an overgrowth of fungus in the small intestine of non-immunocompromised subjects may cause unexplained GI symptoms. Two recent studies showed that 26 % (24/94) and 25.3 % (38/150) of a series of patients with unexplained GI symptoms had SIFO. The most common symptoms observed in these patients were belching, bloating, indigestion, nausea, diarrhea, and gas. The underlying mechanism(s) that predisposes to SIFO is unclear but small intestinal dysmotility and use of proton pump inhibitors has been implicated. However, further studies are needed; both to confirm these observations and to examine the clinical relevance of fungal overgrowth, both in healthy subjects and in patients with otherwise unexplained GI symptoms. »
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↑Lorenzo Chaffringeon, Jholy De La Cruz, Valentin Dettling et Elisa Eme-Scolan, « Les bactériophages, alliés de l’épithélium intestinal contre les bactéries pathogènes », médecine/sciences, vol. 35, nos 6-7, , p. 581–583 (ISSN0767-0974 et 1958-5381, DOI10.1051/medsci/2019114, lire en ligne, consulté le )
