Elle est généralement considérée, avec sa collègue Muriel Debié, comme une syriacologue importante[4],[5]. Les deux chercheuses collaborent aussi dans le cadre des Belles Lettres, dont elles dirigent l'édition de sa nouvelle collection consacrée à l'Orient chrétien[6],[7]. Leur ouvrage commun, Le monde syriaque, reçoit un grand prix de la part de l'Institut du monde arabe en 2018[8],[9] et le prix médiéviste de la Dame à la licorne[10].
Les Relations entre les cités de la côte phénicienne et les royaumes d’Israël et de Juda, Studia Phœnicia 12, Orientalia Lovaniensia Analecta 46, Louvain, Librairie orientaliste Peeters, 1992, 446 p.
Manuscrits syriaques. Bibliothèque nationale de France (manuscrits entrés depuis 1911, no 356-435). Aix-en-Provence, Bibliothèque Méjanes. Lyon, Bibliothèque municipale. Strasbourg, Bibliothèque nationale et universitaire. Catalogue, Paris, Bibliothèque nationale de France, 1997, 264 p.
avec Éric Gubel, Les Phéniciens : aux origines du Liban, Gallimard, coll. « Découvertes Gallimard / Archéologie » (no 358), 1998, 160 p.
avec Pierre Bordreuil, Le Temps de la Bible, Paris, Gallimard, coll. « Folio Histoire », 2003, 461 p.
Direction de l'ouvrage collectif La Bible, Paris, Jules Tallandier, 2003, 345 p.
Les Araméens et les premiers Arabes, Aix-en-Provence, Édisud, 2005 (Encyclopédie de la Méditerranée)
↑Fady NOUN, « Pour (re)découvrir plus de 2 000 ans d’histoire et de culture syriaques », L'Orient le Jour, (lire en ligne)
↑Sylvain Destephen, « Françoise Briquel Chatonnet et Muriel D: Paris, Les Belles Lettres, 2017 », Revue de l'histoire des religions, no 236, , p. 613–615 (ISSN0035-1423 et 2105-2573, DOI10.4000/rhr.10010, lire en ligne, consulté le )