Une gare nommée La Folie se tenait près du camp d'aviation de La Folie, à Nanterre. À la suite d'un incident de tunnelier, cette gare ancienne est choisie pour l'emplacement de celle de Nanterre-Université[1]. Il était en effet prévu à l'origine qu'une nouvelle gare RER serait construite à l'ouest de l'université (gare « P »), raccordée par une large courbe passant par le nord[2],[3]. Le raccordement en courbe très serrée vers Nanterre-Université et la gare correspondante ne devaient être que temporaires. Finalement, le début de tunnel creusé ne servit qu'à garer des rames, avant le retrait de l'appareil de voie fixe.
En 2010, la gare de Nanterre-Université est desservie à raison :
sur la ligne A du RER, le matin par 12 à 18 trains par heure, aux heures creuses par un train toutes les 10 minutes, le soir par 12 trains par heure et en soirée par un train toutes les 15 minutes ;
sur la ligne L du réseau Transilien Paris Saint-Lazare, aux heures creuses par un train environ toutes les 10 minutes, aux heures de pointe par 14 à 15 trains par heure, le week-end et jours fériés par 9 trains par heure et en soirée par un train toutes les 15 minutes.
Sur la ligne L, la gare joue le rôle de terminus pour certains trains.
Le plan de voies affiché ci-dessus n'est qu'un schéma, il ne prétend pas à une exactitude géographique, en particulier en ce qui concerne les échelles ou les directions.
La gare est réaménagée le (2014 était la première date fixée) sous la forme d'un pôle multimodal[12] qui a vocation, à terme, à être desservi par la ligne de tramway T1. De plus, la ligne de bus RATP 304 dispose d'un arrêt devant la gare[13]. Le parvis est construit à 8 mètres au-dessus des rails. Il a une largeur de 40 mètres et une longueur de 70 mètres ; avec ses 2 800 m2, il enjambe les voies ferrées depuis l'université vers le boulevard des Provinces-Françaises[14].
À un peu plus long terme, une gare secondaire est envisagée à proximité immédiate pour permettre l'arrêt des trains du RER A des branches de Cergy et de Poissy[15].