En 1961, il part pour le Japon où il séjournera, à diverses reprises, pendant plus de vingt ans ; entre autres fonctions, il y dirige l’Institut français de Tokyo de 1984 à 1989. Nommé à différents postes, Jean Pérol a aussi vécu en Louisiane, puis à Kaboul en Afghanistan, avant de retourner au Japon.
De retour en France en 1989, il partage sa vie entre Paris et l'Ardèche, après un séjour de deux ans à New York de 1992 à 1994.
En 1995, il publie un livre d'entretiens avec une dizaine de grands auteurs japonais contemporains, dont Yasunari Kawabata, Shōhei Ōoka, Yukio Mishima, etc., entrelacés de commentaires sur la littérature japonaise, sous le titre Regards d'encre - Écrivains japonais 1966-1986.