Né dans une famille aisée mêlant origines grecques et irlandaises, Eugenides grandit dans une banlieue résidentielle favorisée, Grosse Pointe. Il décroche une licence à l'Université Brown en 1983, et un master d'écriture créative à l'université Stanford.
Il est globalement avare de détails sur sa vie personnelle, accordant très peu d'entretiens à la presse. Il est marié à l'artiste Karen Yamauchi depuis 1995, avec laquelle il a eu une fille. Après avoir vécu à Berlin de 1999 à 2004, il s'installe à Princeton dans le New Jersey.
Publié en français sous le titre Les Vierges suicidées, traduit par Marc Cholodenko, Paris, Plon, coll. « Feux croisés », 1995 (ISBN2-259-02722-9) ; réédition sous le titre Virgins Suicides, Paris, J'ai lu no 5493, 2000 (ISBN2-290-30501-4) ; réédition, Paris, Éditions du Seuil, coll. « Points » no 2491, 2010 (ISBN978-2-7578-2005-6)
Publié en français sous le titre Middlesex, traduit par Marc Cholodenko, Paris, Éditions de l'Olivier, 2003 (ISBN2-87929-362-6) ; réédition, Paris, Éditions du Seuil, coll. « Points » no 1238, 2004 (ISBN2-02-066961-7)
Publié en français sous le titre Le Roman du mariage, traduit par Olivier Deparis, Paris, Éditions de l'Olivier, 2013 (ISBN978-2-87929-986-0)[2],[3] ; réédition, Paris, Éditions du Seuil, coll. « Points » no 3213, 2014 (ISBN978-2-7578-4125-9)