Nommé secrétaire général de l’École en 1954, il décide d'appliquer avec Bernard-Philippe Groslier à Argos, les méthodes de fouille de Mortimer Wheeler (1955). Après avoir quitté en 1960 l’École française d'Athènes, il devient directeur d'étude et enseigne à la VIe section de l’École pratique des hautes études. En 1967, il fonde le Bureau d'études des méthodes archéologiques et crée les chantiers d'écoles de Fontainebleau (1962-1963), Chartres (1967-1972) et Saint-Marcel-d'Ardèche (1973-1987), qu'il anime.
Études archéologiques : Recueil de travaux publiés sous la direction de Paul Courbin (École pratique des Hautes-Études. VIe section : Centre de Recherches historiques. Archéologie et Civilisation, I), Paris, S.E.V.P.E.N., , 241 p.
La céramique géométrique de l'Argolide, Paris, E. de Boccard, , 595 p.
« Le colosse naxien et le palmier de Nicias », Bulletin de Correspondance Hellénique, vol. 1, no 1, , p. 157–172 (DOI10.3406/bch.1973.5059, lire en ligne)
Tombes géométriques d'Argos, Paris, J. Vrin, coll. « Études péloponnésiennes » (no 7), , 160 p.
« André Leroi-Gourhan et la technique des fouilles », Bulletin de la Société préhistorique française, vol. 84, no 10, , p. 328–334 (DOI10.3406/bspf.1987.9846, lire en ligne)
Pascal Darcque, « Paul Courbin et la méthode Wheeler », Bulletin de Correspondance Hellénique, vol. 120, no 1, , p. 315–323 (DOI10.3406/bch.1996.4600, lire en ligne)
Ernest Will, « Nécrologie: Paul Courbin (1922-1994) », Syria. Archéologie, Art et histoire, vol. 74, no 1, , p. 221–221 (lire en ligne)