Les agents de la Fédération Galactique tentent d'en savoir plus sur le passé du Rick et d'obtenir la formule du pistolet à portails, pendant que Summer et Morty décident d'aller à la rescousse de leur grand-père. 

Pendant que Jerry et Beth divorcent, Rick, Morty et Summer partent à l'aventure sur une version post-apocalyptique de la Terre. 

Pour échapper à la thérapie familiale, Rick se transforme en cornichon. Mais il va être embarqué malgré lui dans une mésaventure pleine de rebondissements. 

Rick et Morty répondent à l'appel des Vengeurs, un groupe de super-héros dont Morty est fan et dont Rick fait partie. Leur mission est de détruire le super-vilain Worldender, qui fait son retour dans la galaxie. 

À la demande de Morty, Rick emmène Jerry dans une aventure, dans une ville extra-terrestre ou nul ne peut mourir. Pendant ce temps Summer est préoccupée par son apparence physique et décide d'utiliser une machine du garage de Rick pour améliorer cela. 

Fatigués de leurs aventures, Rick et Morty se relaxent dans un spa extra-terrestre. Ils utilisent alors une machine qui va retirer toutes leurs parties toxiques. Rick devient plus aimable et Morty a enfin confiance en lui. Mais la partie toxique de Rick, enfermée dans la machine, est consciente d'elle-même et ne l'entend pas de cette oreille. 

Pendant que Rick et Morty partent à l'aventure dans la cité perdue de l'Atlantide, nous découvrons la vie menée par les Ricks et les Mortys de la Citadelle, qui essaie de se reconstruire. 

Rick et Morty redécouvrent tous les souvenirs d'aventure de Morty que le jeune homme a supplié d'effacer de sa mémoire. 

Beth découvre que le père de son ami d'enfance, disparu, va être exécuté, accusé d'avoir mangé son fils. Rick emmène alors sa fille dans le monde qu'il avait créé spécialement pour elle quand elle était jeune, pour tenter de retrouver cet ami d'enfance. Pendant ce temps Jerry a une liaison avec une femme extra-terrestre. 

Rick et Morty sont appelés pour une mission par le Président. Mais ceux-ci ne sont pas motivés et décident de ne pas la faire. Le Président va donc se confronter directement à Rick. Beth, elle, a des doutes sur le fait qu'elle soit un clone ou non.