Elle y expose jusqu’en 1921. Elle prend part à la fondation de l’Union des femmes peintres et sculpteurs, pour soutenir les droits des femmes dans le domaine de l’art.
Émilie Desjeux expose ses toiles Mère Thérèse et Travaux forcés, et deux peintures sur porcelaine, Les Chrysanthèmes et Charité, au Salon tunisien de 1896[4]. En 1899, elle envoie son tableau Le Médecin des pauvres à l’exposition de cette association et, l’année suivante, expose son Autoportrait à l’Exposition universelle de 1900 où elle obtient une mention honorable[3]. Émilie Desjeux expose des aquarelles à la Galerie Georges Petit à Paris en 1907[5]. Elle passe régulièrement ses étés à Bussy où elle a une importante bibliothèque et où elle est inhumée après sa mort, le . Deux de ses tableaux, Le Rémouleur et Le Banquet d'inauguration du marché couvert à Auxerre, sont conservés à Auxerre au musée Saint-Germain.
René Édouard-Joseph, Dictionnaire biographique des artistes contemporains, tome 1, A-E, Art & Édition, 1930, p. 397
Pierre Lebœuf, « Émilie Desjeux (1861-1957), artiste peintre, née à Joigny », dans L'Écho de Joigny, no 55, 1998, pp. 67-77.
Micheline Durand, Isabelle Vaudois, Quand le tableau témoigne : 1904-2004, Auxerre, Musée-Abbaye Saint-Germain, catalogue de l'exposition du au (ISBN2-909418-24-3)