En 2000, Jean-René Bernaudeau lance l'équipe professionnelle Bonjour. Le VRC se scinde alors entre Vendée U, qui devient la réserve de Bonjour, et le club renommé La Roche Vendée Cyclisme. Plusieurs des meilleurs coureurs français des années 2000 évoluent au sein de Vendée U puis passent professionnels chez Bonjour, qui devient Brioches La Boulangère (2003) puis Bouygues Telecom (2005) : Sylvain Chavanel, Thomas Voeckler, Jérôme Pineau. En 2006, Dimitri Champion remporte le titre de champion de France amateurs[1]. En 2010, Vendée U remporte pour la première fois la Coupe de France des clubs[2] puis une deuxième fois en 2012.
Plus récemment, Vendée U a confirmé sa capacité à accompagner de jeunes talents vers le monde professionnel en permettant à des coureurs comme Bryan Coquard, Thomas Boudat ou Lilian Calmejane d'intégrer le plus haut-niveau.
Le club revendique avoir vu passer une cinquantaine de futurs coureur professionnels. Félicia Ballanger y a également été licenciée.
En 2021, le Vendée U change de couleurs, après 30 ans de rouge et blanc, le maillot est de la même couleur que le CREF et que le Team Total Direct Energie[3].
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