Nacque a Firenze dal muranese Giovanni Fuga e Antonia Serravalli, i cui ascendenti avevano rivestito cariche primarie nell'amministrazione civica fiorentina, l'11 novembre 1699. Il giorno seguente fu battezzato col nome di Ferdinando in onore di Ferdinando de' Medici, Gran Principe di Toscana, il quale gli fece da padrino in quanto protettore del padre Giovanni suo aiutante di camera che portò con sé, insieme al fratello Francesco che divenne commerciante, da Murano quando lui si ammalò durante il Carnevale di Venezia del 1696.
A Roma sposò nel novembre 1727 Angela Ponetti dalla quale ebbe cinque figli due delle quali Maria Vittoria e Maria Antonia rispettivamente sposarono Giacomo Pannini, figlio di prime nozze dell'architetto, pittore e scenografo Giovanni Paolo Pannini e Ferdinando Hamerani incisore di monete.
Nel 1751 Fuga venne chiamato a Napoli, nell'ambito del programma di rinnovamento edilizio del nuovo re Carlo di Borbone, con l'incarico di progettare il gigantesco Real Albergo dei Poveri, un edificio tipicamente illuminista, dalla facciata lunga ben 600 m, che però non verrà completato e resterà di lunghezza pari a 360 metri, e dalla grandiosa chiesa esagonale che ne avrebbe movimentato l'immensa mole.
Sempre a Napoli Fuga ottenne numerosi incarichi importanti, come il palazzo dei Granili (non più esistente), la facciata della chiesa dei Girolamini, i palazzi Caramanico e Giordano. Alcuni disegni testimoniano anche la sua partecipazione all'allestimento del nuovo museo archeologico nel palazzo un tempo occupato dall'Università. Opera sua, tipicamente illuminista, fu il Cimitero delle 366 Fosse a Poggioreale, per l'Ospedale degli Incurabili. Si trattava di un'opera innovativa di edilizia cimiteriale, in cui aveva previsto una fossa comune per ciascun giorno dell'anno.
Nel 1764 rimodernò da gotico a barocco il Casino del nobili, in Piazza del Campo a Siena.
Nel 1768 realizzò lungo il cosiddetto Miglio d'Oro a Resìna, la Villa Favorita che divenne poco dopo residenza reale e fu così chiamata dalla regina Maria Carolina d'Asburgo in quanto le ricordava la prediletta dimora di Schönbrunn a Vienna.
In questi anni lo stile dei suoi edifici si libera progressivamente dei dettagli decorativi tipici del barocco e si fa monumentale e severo, forse più per esigenze illuministiche di funzionalità che per un reale accostamento al nascente neoclassico.
Risale agli ultimi anni della sua vita il progetto per il restauro della Cattedrale di Palermo, attuato interamente dopo la sua morte e in forme molto più radicali di quelle da lui pensate.
Paolo Portoghesi, Ferdinando Fuga, in Roma Barocca, Roma-Bari 1973;
Paolo Giordano, "Ferdinando Fuga a Napoli", in “Domus” n. 671, aprile 1986, pag. V–VIII;
Elisabeth Kieven, Ferdinando Fuga e l'architettura romana del Settecento. I disegni di architettura dalle collezioni del Gabinetto nazionale delle stampe. Il Settecento, Multigrafica, 1988;
Paolo Giordano, Ferdinando Fuga a Napoli. L'Albergo dei Poveri, il Cimitero delle 366 fosse, i Granili, Edizioni del Grifo, 1997;
Francesco Lucarelli, La vita e la morte, dal Real Albergo dei Poveri al Cimitero della 366 Fosse, Edizioni Del Grifo, 1999;
Alfonso Gambardella (a cura di), Ferdinando Fuga. Roma, Napoli, Palermo., atti del Convegno tenutosi a Napoli il 25-26 ottobre 1999, E.S.I., Napoli 2002;
Elisabeth Kieven, Ferdinando Fuga in Storia dell'architettura italiana. Il Settecento, a cura di Giovanna Curcio, pp. 540–555;
Francesco Nevola, Vanessa Palmer, Il Palazzo della Consulta e l'architettura romana di Ferdinando Fuga, 2004;
Ciro D'Arpa, Arredi e progetti architettonici di Ferdinando Fuga per la chiesa della Congregazione dell'Oratorio di San Filippo Neri di Palermo, in A. Gambardella (a cura di), Ferdinando Fuga 1699-1999, Roma, Napoli, Palermo, pp. 313–320.
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