Босковице в качестве торгового поселения было основано вероятно в XIII веке. Однако данные археологических раскопок свидетельствуют, что поселение на месте Босковице существовало намного раньше. Первое упоминание названия Босковице относится к 1222 году, когда Йимрам из Босковиц назван одним из свидетелей в одной из грамот Пршемысла Отакара I. Первое упоминание о Босковицком граде относится к 1313 году. Первое письменное упоминание собственно населённого пункта Босковице относится к 1413 году. В 1463 году король Йиржи из Подебрад пожаловал Босковице право устраивать ярмарки и ежегодные рынки в день Святого Вита.
К 1759 году относится первое использование в босковицких грамотах термина «город Босковице»; городской статус Босковице был пожалован, вероятно, королевой Марией Терезией. В период правления Иосифа II (1780—1790) в Босковице был учреждён магистрат, при этом город был лишён права выносить и исполнять смертные приговоры, которым пользовался с 1255 года.
Исторически, до 2-й мировой войны, здесь проживала одна из крупнейших еврейских общин Моравии.
