Основан 4 марта 1930 года, под именем «Шокерия Спортив Косова». 20 апреля 1930 года был сыгран первый матч против местного «Интермати» Крума и завершился со счётом 0:0. В августе 1931 года «Шокерия Спортива Косова» приняли участие в небольшом турнире, где кроме них также играли другие албанские команды — «Каллабаку», «Шкёльзени» и «Интермати», а также коллективы, представлявшие вооружённые силы. В 1932 году была создана Албанская федерация футбола, куда вошёл и будущий «Кукеси».
После прекращения Второй мировой войны был возобновлён национальный чемпионат. В 1953 году «Шокерия Спортив Косова» принял в нём участие. В 1958 году клуб сменил имя — теперь он назывался СК «Пёрпарими». В 1967 году клуб добился первого успеха выиграв Третий дивизион Чемпионата Албании. В 1977 году заняли первое место во Втором дивизионе и впервые попали в Первый дивизион Чемпионата Албании, но продержались они там недолго, вылетев обратно в дивизион 2. В 1982 году СК «Пёрпарими» во второй раз стал чемпионом Второго дивизиона Чемпионата Албании. После падения коммунистического режима в Албании в 1991 году, «Пёрпарими» оказался в тяжёлом финансовом положении.
В 2010 году СК «Пёрпарими» был реорганизован в ФК «Кукеси» и получил солидных, по местным меркам, спонсоров. Этот же сезон 2010/11 был переломным для клуба, он впервые пробился в высший дивизион, который называется Албанская Суперлига. В сезоне 2012/13 в клуб было вложено ещё больше средств и они заняли второе место в элитном дивизионе и получили право квалифицироваться с 1-го раунда в Лигу Европы.
Домашние матчи проводит на стадионе «Зекир Юмери», вмещающем 5000 зрителей. Так как лицензию УЕФА стадион не имеет, матчи еврокубков «Кукес» играл в столице Тиране на «Кемаль Стафа», главном стадионе страны[2].
.svg){kind=small}
