Законом Вологодской области от 3 мая 2017 года № 4136-ОЗ[3], сельские поселения Сухонское и Шейбухтовское были преобразованы, путём их объединения, в сельское поселение Сухонское с административным центром в селе Шуйское.
Шейбухтовский сельсовет был создан 7 августа 1924 года. 14 января 1929 года сельсовет вошёл в образованный Шуйский район Вологодского округаСеверного края[5].
Шуйский район был переименован в Междуреченский.
24 декабря 1924 года из Хожаевского и Шейбухтовского сельсоветов был образован Иванищенский. Центр сельсовета — село Иванищево[5].
4 июля 1959 году Иванищевский сельсовет был упразднён, а его населённые пункты вошли в состав Враговского и Шейбуховского сельсовета. 24 декабря 1954 года Хожаевский и Шейбуховский сельсоветы были объединены в Иванищевский сельсовет[6].
23 января 1969 года Иванищевский сельсовет был переименован в Шейбухтовский. Центр сельсовета — село Шейбухта[5].
В 1999 году был утверждён список населённых пунктов Вологодской области. Согласно этому списку в Шейбухтовский сельсовет входили 18 населённых пунктов[7].
23 августа 2001 года были упразднены деревни Плющихино, Федорково, Холм[8]. С тех пор состав сельсовета не изменялся.
В состав сельского поселения входят 15 населённых пунктов, в том числе
14 деревень,
1 село.
Люскова Александра Евгеньевна — свинарка колхоза «Будённовец» Междуреченского района Вологодской области. Родилась в 1900 году в деревне Коцыно Шуйской волости Тотемского уезда Вологодской губернии. В 1949 году ей было присвоено звание Героя Социалистического Труда.
↑Закон Вологодской области от 03.05.2017 № 4136-ОЗ "О преобразовании некоторых муниципальных образований Междуреченского муниципального района, о внесении изменений в закон области «Об установлении границ Междуреченского муниципального района, границах и статусе муниципальных образований, входящих в его состав» и изменения в приложение к закону области «О некоторых вопросах организации и деятельности органов местного самоуправления на территории Вологодской области»