Stasiun ini awalnya menggunakan sistem persinyalan mekanik dan memiliki tiga jalur kereta api dengan jalur 2 merupakan sepur lurus. Setelah jalur ganda ruas Bojonegoro–Babat resmi dioperasikan mulai pertengahan April 2014,[3] jumlah jalurnya bertambah menjadi empat. Jalur 1 lama diubah menjadi jalur 2 baru sebagai sepur lurus hanya untuk arah Semarang, sedangkan jalur 2 lama diubah menjadi jalur 3 baru sebagai sepur lurus untuk arah Surabaya saja. Selain itu, sistem persinyalannya telah diganti dengan sistem persinyalan elektrik. Bangunan lama stasiun sudah dibongkar karena terkena pembangunan jalur belok baru sebagai jalur 1 yang baru dan digantikan dengan bangunan baru yang lebih besar.
Jalur 4
←
Sepur belok untuk pemberhentian kereta api ke arah timur