En 1992, elle publie son premier roman Terminus Nord aux Éditions Actes Sud qui reçoit le Prix Robert Walser en 1993[3]. Elle publie ensuite deux autres romans aux Éditions Actes Sud (Le Château d'eau, Landing) ainsi qu'un recueil de nouvelles (En attendant Isabelle)[4]. En , Effacer sa trace, son cinquième livre, paraît aux Éditions Albin Michel[5],[6].
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Pour Le Temps, « Dans Terminus Nord, son premier roman (Actes Sud, 1992, Prix Walser), Malika Wagner dépeignait avec une grande justesse la vie des gamines maghrébines de la banlieue parisienne » et « Le livre [Le Château d'eau] est dédié à Paul Nizon: l'univers urbain, hostile, dépressif de l'héroïne a en effet bien des similitudes avec celui de L'Année de l'amour[7] ».
Pour Diacritik, à propos d'Effacer sa trace, « Se jouant des assignations identitaires, les contournant, s’en amusant, Malika Wagner se moque de ses propres douleurs et de son destin présumé[8] ».