Jan Fischer nacque a Praga, in Cecoslovacchia, da una famiglia ebrea di matematici. Il padre era ricercatore presso l'Istituto di Matematica all'Accademia delle Scienze della Repubblica Ceca, ed era specializzato in matematica e applicazioni statistiche in genetica, crescita selettiva e medicina.[1] La madre era una statistica.
Jan Fischer si è sposato due volte ed ha tre figli. Il figlio, Jakub, è uno statistico ed è professore associato e vice-decano alla Facoltà di Informatica e Statistica dell'Università di economia di Praga.
Carriera
Subito dopo la laurea, entrò all'Ufficio Statistico Federale; nel 1990 ne divenne vicepresidente e mantenne tale posizione fino alla dissoluzione della Cecoslovacchia. Dall'inizio degli anni novanta, dirige la squadra che gestisce i risultati delle elezioni parlamentari e locali. Ha anche svolto la funzione di vicepresidente del nuovo Ufficio Statistico Ceco. Nel 2001 partecipò ad una missione di ricerca del Fondo Monetario Internazionale, il cui scopo era di esplorare le possibilità di istituzione di un ufficio statistico a Timor Est. Nel settembre 2000 divenne direttore della produzione del Taylor Nelson Sofres Factum. Dal marzo 2002 all'aprile 2003 operò come capo dell'istituto di ricerca alla Facoltà di Informatica e Statistica dell'Università di Economia di Praga. Fu nominato Presidente dell'Ufficio Statistico il 24 aprile 2003.