Il quitte le port de Kiel pour sa première patrouille le sous les ordres du korvettenkapitänKurt-Eduard Engelmann. Après 58 jours en mer, il rejoint la base sous-marine de Lorient qu'il atteint le .
L'Unterseeboot 163 a effectué trois patrouilles dans lesquelles il a coulé trois navires marchands pour un total de 15 011 tonneaux et endommagé un navire de guerre non réparable de 2 000 tonnes au cours de ses 144 jours en mer.
Sa troisième patrouille le fait partir du port de Lorient le toujours sous les ordres du Korvettenkapitän Kurt-Eduard Engelmann. Après quatre jours en mer, l'U-163 est coulé le dans l'Atlantique nord au nord-ouest de Cap Finisterre à la position géographique de 45° 05′ N, 15° 00′ O par des charges de profondeur lancées par de la corvette britannique HMCS Prescott.
Les 57 membres de l'équipage sont tués lors de cette attaque.
L'Unterseeboot 163 a coulé trois navires marchands pour un total de 15 011 tonneaux et endommagé un navire de guerre non réparable de 2 000 tonnes au cours des trois patrouilles (144 jours en mer) qu'il effectua.
Chris Bishop, historien militaire (trad. de l'anglais par Christian Muguet), Les sous-marins de la Kriegsmarine : 1939-1945 : le guide d'identification des sous-marins [« The spellmount submarine identification guide : Kriegsmarine U-boats 1939-1945 »], Paris, Éd. de Lodi, , 192 p. (ISBN978-2-84690-327-1, OCLC470721805, BNF41298980)